1757年，清朝平定长期割据西北的准噶尔政权。两年后，清朝平定伊斯兰教白山派首领大、小和卓（大和卓波罗泥都、小和卓霍集占）叛乱，巩固了对西域各地的军政统辖。在管理制度方面以1762年设立的“伊犁将军”统一行使对天山南北各地的军政管辖，官府驻地在“惠远城”（今霍城县境），分设都统、参赞、办事、领队大臣管理各地军政事务。清朝政府依据“因地制宜”、“因俗施治”的原则，对天山北部汉、回族居住区实行郡县制管理；在伊犁地区和天山南部各地维吾尔族中维持当地的“伯克制”，但是伯克（突厥语音译，地方官吏称号）的任免权归于中央，并严格实行政教分离；对蒙古族和哈密、吐鲁番地区的维吾尔族则实行“扎萨克（蒙古语音译，意为支配者）制”，即册封王、贝子、公等世袭爵位。清朝政府在官员的任用方面还采取了以满族为主、各族官员并用的政策；经济方面，推行以农业为主，农牧并举的经济措施，采取减轻赋税，确定财政定额补贴制度等。清朝统治时期，新疆的社会经济得到了稳步的发展。